Das Direktorium des FoSS besteht aus sechs Professor*innen und deren Stellvertreter*innen, die von den Dekanaten der beteiligten Fachbereiche für drei Jahre im Einvernehmen mit den Präsidien der beiden Hochschulen benannt werden. Zusätzlich kooptieren die Professor*innen je ein Mitglied und eine Vertretung der wissenschaftlichen Mitarbeitenden oder Promovierenden, sodass das Direktorium insgesamt acht Mitglieder umfasst. Aus seiner Mitte wählt das Direktorium zwei Sprecher*innen. Zu den Hauptaufgaben des Direktoriums und der Geschäftsführung zählen die Erstellung des Jahresberichts, Finanzplanung sowie die Vorbereitung und Leitung der Verbundversammlung.
