B1 : Microbiologie
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Le microbiome végétal joue un rôle important dans la santé, le développement et le rendement des plantes. Les bactéries associées aux racines (rhizosphères et endobactéries des racines) et les champignons mycorhiziens arbusculaires (AMF), en particulier, ont un rôle central dans l'absorption des nutriments et la protection des plantes. En cas de stress hydrique, l'importance de ces propriétés positives du microbiote associé aux racines augmente encore nettement. Outre la disposition génétique, la résistance des plantes aux maladies est principalement conditionnée par le microbiome associé aux plantes et par le microbiome du sol. À cet égard, on observe en principe une corrélation positive entre la diversité microbienne/l'abondance des AAM et la santé des racines.
La composition du microbiome dans et sur les racines est contrôlée et favorisée par les exsudats racinaires des plantes. Des peuplements végétaux variés produisent des exsudats variés et donc des microbiomes variés. Dans les peuplements mixtes, on s'attend à une augmentation de l'abondance et de la diversité bactériennes et AMF dans le sol. La mesure dans laquelle cela a un effet positif sur la santé des plantes est encore peu étudiée. Outre la diversité des communautés bactériennes, il est surtout important de comprendre l'activité de groupes microbiens spécifiques qui contribuent par exemple à l'approvisionnement efficace des plantes en substances nutritives. Le rôle de ces communautés est particulièrement important dans le cas des espèces de Fusarium, qui sont généralement des pathogènes opportunistes qui se trouvent de manière asymptomatique dans les plantes et qui causent des dégâts lorsque les plantes sont stressées. Les fusarioses sont associées à différentes niches écologiques. Alors que les espèces de Fusarium associées aux racines et aux graines de blé sont bien caractérisées, on manque d'informations sur les espèces de Fusarium associées aux plantes médicinales et aromatiques.
Paquets de travail et personnes impliquées
WP 1 : Analyse microbiologique et moléculaire du microbiome des plantes
WP 2 : Analyse microbiologique et moléculaire des pathobiomes, en mettant l'accent sur les agents pathogènes de Fusarium dans les racines et les graines.
