Das Studium der katholischen Theologie ist viersäulig aufgebaut: Bibelwissenschaftliche, systematische, religionspädagogische und kirchengeschichtliche Fachdisziplinen.
Als Veranstaltungsformen werden Vorlesungen, Seminare, Blockseminare an Wochenenden und Projektarbeiten angeboten. Kooperationen mit dem Evangelischen Institut und anderen Disziplinen der Universität werden vielfältig gestaltet. Zudem können L3-Studierende grundlegende Sprachkenntnisse in Griechisch, Latein und Hebräisch erlangen.
Die Arbeitsatmosphäre in Veranstaltungen des Instituts ist aufgrund der eher kleineren Gruppengrößen dialogisch und kompetenzorientiert und lässt Raum für Anregungen und Anliegen der Studierenden.